Das Schulgesetz von 1805 legte die allgemeine Schulpflicht fest und bestimmte, dass jede Gemeinde ihre eigene Schule haben musste. 1808 wurde daher in Freienwil - offenbar noch unter massgeblicher Beteiligung der Pfarrei Lengnau - das erste Schulhaus gebaut. Während fast hundert Jahren gingen die Freienwiler Kinder darin zur Schule. Von 1905 an diente es als Mietshaus, bevor es 1985 zum Gemeindehaus umgebaut wurde.
Im letzten Jahrhundert galt Freienwil in Sachen Schule eher als saumselig. Mehrmals musste es vom Kanton gedrängt werden, anstehende Neuerungen durchzuführen, so 1823, als endlich der Ganzjahresbetrieb eingeführt werden sollte, oder 1850, als der Regierungsrat von der Gemeinde ultimativ die Einführung einer zweiten Schulklasse verlangte: seit über acht Jahren zähle die Schule über 100 Schüler, und weder die Beschaffenheit des Lokals noch die Befähigung des Lehrers lasse eine Erhöhung der Schülerzahl bis auf 120 zu. Die Gemeinde widersetzte sich beharrlich einer zweiten Klasse, und als die Einwohnerzahl in der zweiten Jahrhunderthälfte wieder zurückging, beharrte der Kanton nicht mehr auf der Erfüllung seiner Forderung.
Gegen 1900 wurden die Platzverhältnisse im alten Schulhaus immer enger. 1901 verwarf man die anfängliche Idee, das alte Schulhaus zu vergrössern, und fasste einen Neubau ins Auge. Nach langen Diskussionen um den Standort entschied man sich zum Kauf von Bauland im Baumgarten hinter der Dorfkapelle, unmittelbar neben dem alten Schulhaus. Der Bau wurde vom Badener Architekten Otto Bölsterli geplant und durch den Maurermeister Josef Suter von Freienwil ausgeführt. Das neue Schulhaus konnte im September 1905 eingeweiht werden. Der repräsentative Bau diente 1911 auch als Vorbild für das neue Schulgebäude von Oberehrendingen.
Erhöhte Schülerzahlen und verbesserte Platzverhältnisse erforderten ab 1915 die Einstellung einer zweiten Lehrkraft und die Führung des Unterrichts in zwei Klassen. Zwei Generationen von Freienwilern wurden von den gleichen Lehrkräften geformt: Lehrer Burger, der seit 1908 Schulleiter war, unterrichtete bis 1950 die Oberstufe, Lina Müller von 1915 bis an die Schwelle der Sechzigerjahre die Unterstufe.
1957 wurde das Schulhaus renoviert und erhielt eine Zentralheizung.
1979 musste die Oberstufe in Freienwil aufgehoben werden.
Nach der Auslagerung des Gemeindebüros wurden in der anschliessenden Gesamtrenovation 1987 ein Vereinslokal im Keller eingebaut und die Schulräume neu unterteilt.
Nachdem ein Kindergartenneubau anstand und auch zu wenig Gruppenräume zur Verfügung standen, wurde im Jahre 2004 ein Neubau beschlossen, der am 9.09.2006 festlich eingeweiht wurde.
2014/15 wurde das umgebaute Dachgeschoss im alten Schulhaus offiziell eingeweiht – mit einem Fest für Gross und Klein. Seitdem führen wir in Freienwil auch die 6. Klasse.